புதுக்கோட்டையிலிருந்து 35 கிமீ தொலைவில் உள்ளது இந்த கோவில். கொன்றை மரங்கள் அடர்ந்த இடமாக இருந்ததால் கொன்றையூர் என்றாகி தற்போது கொன்னையூர் என்று அழைக்கப்படுகிறது
இக்கோயிலின் மூலவர் முத்துமாரியம்மன் ஆவார்.கோயிலின் தல மரம் நெல்லி மரமாக உள்ளது. இந்த கோவில் உருவான வரலாறு பற்றி இக்கோவில் அர்ச்சகர் கூறுகிறார். அதாவது முன்னொரு காலத்தில் இந்தப் பகுதி கொன்றை மரங்களும் கற்றாழைச் செடிகளும் சூழ்ந்த வனமாகத் திகழ்ந்தது
பால்காரரான பெரியவர் ஒருவர் அதிகாலையில் எழுந்து பால் கறந்து தலையில் தூக்கிச் சென்று ஊருக்குள் சென்று விற்று வருவது வழக்கம். பாலை எடுத்துக்கொண்டு வழக்கம்போல் அந்தப் பெரியவர் வரும்போது கொன்றை மரத்தின் வேர்களில் அவரது கால்கள் பட தடுமாறியதால் பால் மொத்தமும் கொட்டியது
மண்ணெல்லாம் பாலாயிற்று. எத்தனை கவனமாக நடந்துபோனாலும் இப்படித் தடுமாறுவதும் பால் கீழே மண்ணில் கொட்டி வீணாவதும் தினமும் தொடர்ந்தது. பெரியவர் கவலையானார். ஒருநாள் கோடரியால் அந்தக் கொன்றை மரத்தின் வேரை வெட்டினார்
அப்படி வெட்டிய கனம் முதல் ரத்தமும் பாலுமாக வெளிப்பட அதிர்ந்துபோனார் பெரியவர். விஷயம் தெரிந்து ஊரே கூடியது. இன்னும் தோண்டிப் பார்க்க அழகிய விக்கிரகத் திருமேனியில் அம்மன் தென்பட்டதாகவும் அதன் பின் அம்மனுக்கு கோவில் எழுப்பி மக்கள் வழிபாடு செய்தாகவும் மக்கள் மற்றும் கோவில் குருக்கள் தெரிவிக்கின்றனர்
இக்கோவிலில் ஆடி அமாவாசை, தமிழ் வருடப்பிறப்பு, பங்குனி முதல் ஞாயிற்றுக்கிழமையன்று தொடங்கும் பங்குனி திருவிழா, பூச்சொரிதல் திருவிழா ஆகியவை இங்கு நடைபெறுகின்ற விழாக்களாகும். காலசந்தி, உச்சிக்காலம், சாயரட்சை என்ற வகையில் மூன்று கால பூசைகள் இங்கு நடத்தப்பெறுகின்றன
சுற்று வட்டாரத்தில் உள்ள கிராம மக்கள் வழிபடுகின்ற முக்கியக் கோயிலாக இது கருதப்படுகிறது. பங்குனித் திருவிழாவின் ஒரு பகுதியாக இங்கு நடைபெறுகின்றது. நாடு செலுத்துதல் விழா சிறப்பானதாகும்
அவ்விழாவின் போது அருகிலுள்ள அருகிலுள்ள நான்கு நாடுகளின் பகுதிகளைச் சேர்ந்த பொதுமக்கள் கம்பு, ஈட்டி, பல்வேறு வேடத்தை அணிந்து தத்தம் ஊரில் இருந்து கால்நடையாக சென்று நாடுசெலுத்தி வழிபாடு செய்தனர்
குறிப்பாக ஆலவயல் நாட்டைச் சேர்ந்தவர்கள் நேர்த்தி கடன்களுக்காக உடலில் சகதி பூசி வருவது தனிச்சிறப்பாகக் காணப்படுகிறது. இக்கோயில் காலை 6.30 மணி முதல் 1.00 மணி வரையிலும், மாலை 3.00 மணி முதல் இரவு 8.00 மணி வரையிலும் திறந்திருக்கும் நேரம் ஆகும்